苏州大学的研究生教育始于东吴大学时期。研究生教育是东吴大学半个世纪教育事业的重要组成部分。东吴大学的研究生教育始于1915年，学制2年，涉及化学专业、生物学专业与文科。1917年夏，东吴大学有8名研究生毕业，其中获文学硕士学位者2人，获理学硕士学位者6人。东吴大学最早获得硕士学位者中包括分析化学专业毕业的徐景韩、陈调甫，是“迄今为止能够确定的全中国最早的化学硕士。”1919年获得生物学硕士学位的东吴大学研究生亦是“迄今为止能够确定的全中国最早的生物学硕士。” 东吴大学法学研究生教育始于1926年，为中国现存最早培养法学高层次人才的大学。

1964年8月，经教育部批准，物理系周孝谦教授招收原子核物理专业2名研究生，这是江苏师范学院第一次招收研究生，江苏师院也成为当年招收研究生的全国118所高校之一。

1981年11月3日，国务院学位委员会正式批准我校为江苏省首批博士学位授予单位，专业为中国古代文学，指导教师钟仲联教授。同时获批硕士学位授权点7个。

1985年12月，我校在科研处下设研究生科，负责全校研究生教学培养的日常管理工作，研究生工作由科研处主管。

1990年11月10日,我校召开研究生工作会议并宣部成立研究生部，同时成立了研究生的党组织----研究生直属支部委员会。

1996年学校成立了研究生部党总支，同时完善和建立了研究生分团委，研究生会，科协等学生组织。

1997年研究生部设立了学位办公室、招生办公室、教学管理科三个科室。

2002年5月28日，我校成立了研究生党工委，研究生部下设招生科、培养科、学位科、思想政治教育管理科、综合科五个科室，“211工程”办公室、学位评定委员会办公室和学科建设办公室与研究生党工委、研究生部合署办公。

随着学校学科建设和研究生教育事业的蓬勃发展，为更好地适应这一发展趋势，2011年7月8日，经校党委常委会研究，正式成立苏州大学研究生院。2012年4月7日，苏州大学研究生院正式揭牌，苏大研究生院也是教育部取消研究生院设置行政审批之后，由高校自主设立的首个研究生院。