苏南发展研究院在江苏省委宣传部的直接支持下于1997年4月成立，费孝通先生亲为题写院名。该院作为江苏省重点研究基地在成立之初下设三个研究机构：苏南经济发展研究所、苏南社会发展研究所、苏南文化发展研究所。1999年，苏南发展研究院又成立了农村城镇化研究中心。特别是自2004年以来，研究院组织结构进一步调整，科研力量进一步优化组合其中苏南经济发展研究所予以保留；苏南文化发展研究所并入到吴文化国际研究中心；社会发展研究所并入到苏州大学社会发展研究所；另外新增两个新的研究机构：现代性与苏南发展研究所和全球化与苏南发展研究所。目前苏南发展研究院专兼职科研人员有30多位。自研究院成立以来，立足苏南发展，以科研为核心，取得了一批精品力作。其中研究院在“九五”和“十五”期间先后出版了专著50余部，向上级部门和其他部门提交咨询报告40多份。2003年，苏南发展研究院承担省教育厅项目并出版了《全面建设小康社会丛书》；2005年，苏南发展研究院承担教育部重大项目在研项目1项；目前，苏南发展研究院已经与苏州市、无锡市等有关单位经过深入调查研究准备推出《全球化、城市化与21世纪苏南发展研究
丛书》（共7本），深度探索新的历史条件下的新苏南模式。苏南发展研究院今后的发展目标是：成为我国高校区域社会经济发展研究较为权威的学术研究机构；成为江苏省区域发展研究的咨询权威机构；成为在国内外有较高知名度的研究咨询机构。